種子能否實現長期安全儲藏，關鍵在于是否能保持其低溫干燥的狀態，而在自然環境下，種子常常會受到高溫低濕環境的影響，造成其狀態下降，因此現在市場上普遍采用種子低溫樣品柜儲藏種子，它的原理主要是通過創造密封低溫儲藏環境來完美解決種子存儲問題。
雖然種子低溫樣品柜可以調節溫度到一個指定的較低范圍內，且可以控制濕度范圍，保持存儲環境始終干燥，滿足不同類型種子達到最佳溫濕度貯藏狀態，但是并不是代表著種子進入種子低溫樣品柜之后，就可以達到理想的儲藏效果，而是需要儲藏的種子能夠滿足基本的儲藏要求。以棉花種子儲藏為例，為了保證棉花種子符合儲藏要求，棉花種子進入種子低溫樣品柜儲藏前需要開展以下的準備工作。
1.選擇飽滿成熟的霜前棉花種子
種子品質佳，種子的耐藏性才會好，因此棉花種子在進入種子低溫樣品柜之前，也需要進行挑選，一般來說飽滿成熟的棉花種子種皮結構致密而堅硬，外有蠟質可防御外界溫、濕度的影響，種皮內含有約 7.6%的鞣酸物質，具有一定的抗菌作用，耐藏性好。而未成熟的棉花種藏。
2.嚴格控制棉花種子安全入庫標準
種子安全入庫標準中，種子水分、凈度、發芽率等是三個非常重要的指標，只有這三項指標都能夠達到要求，才能夠進入種子低溫樣品柜中儲藏，對于棉花種子而言，一般要求其水分不超過11%～12%，凈度不低于99.5%，發芽率在80%以上。
篩選出優質的種子，并嚴格控制種子的相關指標，這樣借助種子低溫樣品柜創造合適的儲藏條件，才能夠達到良好的儲藏效果，起到延長種子壽命，保持其高生活力的作用，而如果種子品質不高，即使為它提供了良好的儲藏環境，那么也很難達到安全儲藏的效果，因此種子進入種子低溫樣品柜儲藏前的準備工作，也是種子儲藏過程中非常重要的一項內容。