一、試劑配制
1．1.5mo1／L Tris-HCl pH 8.8 (已加SDS )
2．0.5mo1／L Tris-HCl pH 6.8 (已加SDS)
3．10％SDS
4．30％Acr／Bis 29.2g Acr + 0.8gBis，用雙蒸水定容至100mL，過濾備用，4℃存放。
5．10％Ap (-20℃存放)
6．2x樣品緩沖液
0.5mo1／L Tris-HCl pH6.8 2mL
甘油 2mL
20％SDS 2mL
0.1％溴酚藍 0.5mL
2—β—巰基乙醇 l.0mL
雙蒸水 2.5mL
7．5x電極緩沖液
Tris 7.5g
G1y 36 g
SDS 2.5g
雙蒸水溶解，定容至500mL，使用時稀釋5倍使用
8．染色液：0.2g考馬斯亮藍R250 + 84mL 95％乙醇 + 20mL冰醋酸，定容至200mL，過濾備用。
9．脫色液： 酒精：冰醋酸：水＝7.5：7.5：85
二、實驗步驟
1．裝配做膠用的玻璃板"三明治"：做1.0mm厚的膠。選擇兩側的玻璃夾條為1mm的玻璃板，將其夾條面朝上平放在桌面上，把灰色的U形硅膠夾條在上面擺好，然后把帶兩個“耳朵”的凹玻璃放在上面，使U形硅膠夾條平整、服帖地夾在兩塊玻璃板之間。小心地把這玻璃板“三明治”放到“提籃架子”上，用塑料的“楔子”夾緊，注意底部的U形硅膠夾條在夾緊的過程中依然保持平整、服帖。在玻璃板“三明治”的夾縫加滿蒸餾水，檢驗是否漏，如果漏水必須重裝。
2．配制濃度為12％的分離膠 (凝膠濃度應根據被分離蛋白的分子量進行選擇)，配方如下：
雙蒸水 3.3 mL
1.5mo1／L Tris-HCl (pH 8.8) 2.5 mL
Acr／Big(30％) 4.0 mL
10％ SDS 100 μL
TEMED 10 μL
10％AP 100 μL
總體積 10 mL （剛好灌制兩塊膠）
混勻后加入兩玻璃夾縫中，并小心在膠面上加入1cm蒸餾水(在膠面上加蒸餾水稱水封，目的是保持膠面平整，并防止膠與空氣接觸，影響膠的聚合)，室溫放置，等膠自然凝聚后（此時在膠面與水封之間可見清晰的界限），將水封傾去。這時可以開始配制4％的濃縮膠，配方如下：
雙蒸水 1.8 mL
0.5mo1／L Tris-HCl pH 6.8 0.75mL
Acr／Bis (30％) 0.4 mL
10％ SDS 30 μL
TEMED 5μL
10％Ap 30μL
總體積 3.0 mL （夠做兩塊板的濃縮膠）
混勻后加入到"三明治"玻璃板的夾縫中，然后在把1mm的梳子插進濃縮膠中，注意在梳子和濃縮膠之間不要留有氣泡。如果發現有較大的氣泡，一定要想法去掉（可以插拔梳子或指彈氣泡處的玻璃等），否則會影響電泳結果。待濃縮膠凝固后，小心拔出梳子。如果發現拔出梳子后形成的加樣孔之間的間隔發生扭曲，用注射器的針頭小心加以整理，使之齊整。
3．細菌培養物SDS-PAGE樣品的制作：同時做L-阿拉伯糖誘導的和未加L-阿拉伯糖的兩個大腸桿菌樣。取細菌培養物1.5mL加到1.5mL小離心管中，12000r/m離心3分鐘，去上清。在離心沉淀中加約等體積的蒸餾水，用槍頭小心地吹打，使細菌充分懸浮，直到沒有明顯的小團塊，然后加入等體積的2×樣品緩沖液，在100℃沸水浴(或干式培養器)中保溫5min。此時如用槍頭吸取樣品，會發現非常粘稠，呈鼻涕狀，這是因為有樣品中含有大量DNA的結果。要用胰島素注射器將樣品從極細的針頭中打出，反復多次才能將DNA分子打斷，使樣品變得不再粘稠為止。將樣品14000r/m離心5分鐘，使不溶物沉淀下來，小心吸取上清加樣。電泳樣品的處理直接關系到電泳結果的好壞，一定要認真做樣，否則跑不出好膠來。
4．瓊脂封底：做好膠后，把玻璃板“三明治”從架子中取出，將兩玻璃板之間的硅膠夾條去掉。去掉夾條后在凝膠的底部會留下一空隙，此空隙要用2%融化的瓊脂填滿，否則在玻璃板浸到電極緩沖液后空隙中的空氣將很難徹底排除掉，電泳時會明顯影響導電，嚴重時會使整個電泳失敗。瓊脂封底時注意不要產生氣泡。
5．電泳槽組裝：封底后將玻璃板“三明治”凹玻璃面向內重新裝到“提籃架子”上，固定好后，將整個部件放到電泳槽的外殼中，然后加電極緩沖液。加液時要使內外槽中的液面基本等高，內槽液的液面要高出玻璃板“三明治”的凹玻璃至少5mm，以保證能夠導電，且電場均勻。
6．加樣：按事先設計好的順序與加樣量依次加樣。在樣品的濃度未知的情況下，同一樣品可加一梯度，即每一泳道的加樣量依次減半。這樣，在做第二次電泳時可以其作為參考，正確加樣。蛋白分子量標準可以加在靠中間的加樣孔中，也可加在離邊的第2道處（最靠邊的一道樣品往往會明顯跑斜）。
7．電泳：將電泳槽的蓋子蓋上，把電泳槽的兩個電極接到電泳儀上（注意電極不要接錯），然后接通電源。先將電壓調到80V，當樣品進入分離膠時，調節電壓使恒定在150V。當溴酚藍移動到離底部約0.5cm時，關掉電源，停止電泳。將玻璃板從電泳槽中取出，小心地用舊的電話卡撬開兩玻璃板，暴露出膠面。將濃縮膠部分去掉不要，分離膠放到塑料盒中染色。
8．染色和脫色：凝膠在考馬斯亮藍染色液中染色20分鐘（搖床上緩慢振蕩），然后傾去染色液（染色液回收，可反復用數十次），用自來水洗幾下，去掉凝膠上和塑料盒中的染色殘液，加脫色液脫色（搖床上緩慢振蕩），1小時后換一次脫色液，振蕩脫色過夜。徹底脫色后的凝膠蛋白條帶清晰，背景透明干凈。這時可以將凝膠拍照或用掃描儀進行掃描，作為永久記錄。
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