農產品分析工作的可靠性，首先取決于所采集樣品的代表性，否則分析工作將是徒勞，甚至導致錯誤的判斷，給生產或科研帶來損失。
農產品分析樣品的采集包括莖葉等組織樣品，籽粒樣品、蔬菜瓜果樣品及飼料樣品等。
1 籽粒樣品的采集、制備與貯存
(1)樣品的采集從個別植株上采樣，谷類或豆類作物從個別植株上采取種子樣品時，應考慮栽培條件的一致性。種子脫粒后，去雜、混勻、按四分法縮分為平均樣品，重量不少于25g。從試驗小區或大田采樣可按照植株組織樣品的采樣方法，選定樣株收獲后脫粒，混勻，用四分法縮分，取得約250g樣品。大粒種子，如花生、大豆、蓖麻、棉籽、向日葵等可取500g左右。采樣時應選取完全成熟的種子。
從成批收獲物中取樣 在保證樣品有代表性的原則下，可在散裝堆中設點隨機取樣，或從包裝中隨機扦取原始樣品，再用四分法或分樣器縮分至500g左右。
(2)樣品的制備與貯存將采取的籽粒樣品風干，去雜和挑去不完善粒，用磨樣機或研缽磨碎，使之全部通過0.5～1mm篩，貯于廣口瓶中，貼好標簽備用。
油料作物中的大粒種子，如花生、向日葵、棉籽等，應去掉厚的果殼或種皮，只分析種仁。但棉籽種皮不易剝掉，可先用水浸濕4～6小時，再用鋒利的小刀將種子切為兩半，取出種仁。為了防止油料作物種子在磨碎過程中損失油分， 可從采取的樣品中用四分法縮分出少量樣品， 于70～80℃干燥箱內干燥5～15小時，取出，在瓷研缽中用杵擊碎，不能研磨。大豆和其他含油少的種子則可以直接用磨磨碎；有時要磨2—3次，先粗碎，再細磨。
2 水果蔬菜樣品的采集、制備與貯存
(1)樣品的采集一般水果、蔬菜生長的成熟期延續時間很長，采樣應在其主要成熟期進行，必要時也可在其成熟過程中采2—3次樣品。采樣時應在試驗區或地塊中不少于10個樣株上采集部位相同，成熟度一致的果實(或塊根莖)若干個組成平均樣品。平均樣品的絕對數量：較小的果實(或塊根莖)如青椒之類應不少于40個；蕃茄、洋蔥、馬鈴薯應不少于20個；黃瓜、茄子、大蒜、胡蘿卜及小蘿卜不少于15個；大的瓜果、白菜球、甘藍球、蘿卜不少于10個，數量多時可將每個切取勻致的1/4，總重以1kg左右為宜。對果樹的果實采樣要選品種特征典型的樣株，才能比較各品種的品質。樣株要注意挑選樹齡、樹型、生長勢、載果量等一致的正常株，幼或老和旺長的都缺乏代表性。在同一果園同一品種的果樹中約選5—10株為代表，從每株的全部收獲物中選取大、中、小和向陽或背陰的果實共10～15個組成平均樣品，一般總重不少于1.5kg。
(2)樣品的制備與貯存采得的樣品要及時刷洗、擦干。瓜果和蔬菜分析通常都用新鮮樣品。有的分析全部產品，有的只分析食用部分，隨分析目的要求而定，大的瓜果或平均樣品數量多時，可勻致地切取其中一部分(但要使所取部分中各組織的比例應與全部樣品相應)，作為分析樣品。將分析用樣品切碎后用高速植物組織粉碎機或研缽打碎成漿狀，與汁液一起混勻后稱樣。
欲用干樣分析時，則必須力求快速風干，以保持樣品成分不變。加速干燥的主要方法是將樣品切成塊或片狀后高溫通風干燥，即先置110～120℃ 的鼓風烘箱中(樣品溫度達100～105℃)烘20～30分鐘，然后降溫，在60～70℃烘至變脆易壓成粉末為止。烘的時間不宜太長，一般短則4～5小時，長則8—10小時。如無鼓風烘箱，可用普通烘箱代替，初期把門打開，以利水分逸出。如有真空干燥箱則更好。也可先用蒸氣(沸水蒸鍋)殺酶15～20分鐘，再在60～70℃或30～50℃烘箱中烘干，最后將干樣品粉碎過篩，裝入廣口瓶中保存備用。
對測定糖或淀粉的樣品，最好用新鮮樣測，因在高溫烘干時糖分易被焦化，部分淀粉也易被酸性汁液水解而變化。也可用酒精保存新鮮樣品。