按照實驗室的安全工作制度或安全標準操作程序，所有操作符合《實驗室生物安全通用要求》（GB19489-2008）。
1、嚴格執行各區功能劃分： 試劑儲存和準備區：貯存試劑的制備、試劑的分裝和擴增反應混合液的準備，以及離心管、吸頭等消耗品的貯存和準備。 標本制備區：核酸（RNA、DNA）提取、貯存及其加入至擴增反應管。對于涉及臨床樣本的操作，應符合生物安全二級實驗室防護設備、個人防護和操作規范的要求。 擴增區：cDNA合成、DNA擴增及檢測。 擴增產物分析區：擴增片段的進一步分析測定，如雜交、酶切電泳、變性高效液相分析、測序等。 試劑準備區、樣本制備區和擴增區內的實驗用品，包括移液器等器具應專用，空氣、物品流向依次為：試劑準備區、樣本制備區、擴增區、產物分析區，不可逆行。 2、清潔的實驗用品： 實驗室自配試劑（去離子水、緩沖液等）和所有使用器具在使用之前均應高壓滅菌或紫外殺菌。槍尖、反應管等實驗耗材應一次性使用。
3、正確的實驗操作： 實驗應在超凈工作臺內進行，工作臺內應放置PCR專用的微量離心機、各量程的移液器和其他必須物品。
實驗的過程中選擇最合適尺寸的手套并能及時更換，在進出不同實驗區域或進行模板操作后都應更換實驗服、口罩、帽子及手套，以避免不同實驗區交叉污染。
裝有PCR試劑的反應管在打開之前應先瞬時離心，將管壁及管蓋上的液體離至管底，降低污染手套或加樣器的風險；謹慎開啟反應管，防止管內液體濺出或形成氣溶膠導致污染。
吸加試劑和模板的操作應嚴格按照規范要求進行，遵守“慢吸快打”原則，盡量一次性完成，忌多次抽吸，以避免氣溶膠產生的交叉污染。
PCR試劑建議小量分裝，以減少反復凍融、重復取樣次數；多樣本PCR反應時，先配制反應混合液分裝至反應管中，最后加入樣本核酸，請勿同時開蓋，盡量保證單人單管，實現完全閉管操作。
實驗試劑應與樣品和PCR產物分開保存，不應放于同處。
PCR擴增實驗完成后及時將反應管取出，用一次性手套將產物反應管包裹丟棄，保證管蓋緊閉。
4、規范的實驗設計： 應遵循實驗室內部質量控制的相關規定，實驗中設立陽性對照、陰性對照和空白對照，全程質控實驗過程，驗證PCR反應的可靠性，并協助判斷擴增系統的可信性。