C-肽測定的主要用途包括：
①最主要用于評估空腹低血糖。某些β細胞瘤病人，特別是有間歇性胰島素分泌過多時，檢測胰島素可正常但C-肽濃度都升高。當低血糖是由于胰島素注射所致時，胰島素水平會很高而C-肽降低，這是因為C-肽不存在于藥用胰島素中，并且外源性胰島素會抑制β細胞分泌功能。
②評估胰島素分泌。基礎或刺激性C-肽水平可用以評價患者胰島素分泌能力和分泌速度。如糖尿病患者在用胰高血糖素刺激后C-肽大于1 .8ng/ml 可能是2型糖尿病，而C-肽<0.5ng/ml 時可能是 1型糖尿病。因此C-肽濃度對鑒別1型和2型糖尿病具有一定價值。
③ 監測胰腺手術效果。在全胰腺切除術后，檢測不到血清C-肽，而在成功的胰腺或胰島細胞移植后C-肽濃度應增加。