生物親和色譜儀是利用蛋白質或生物大分子等樣品與固定相上生物活性配位體之間的特異親和力進行分離的。
一、固定相：
將具有生物活性的配位體以共價鍵結合到不溶性固體基質上制得。
二、生物活性配位體：
1、酶：底物及其類似物。
2、輔酶：類固醇等。
3、抗體：植物激素等。
4、激素：糖和多糖等。
5、抗生素：核苷酸等。
三、基質：
通常為凝膠，許多無機和有機聚合物都可形成凝膠，如瓊脂糖衍生物和多孔玻璃等。
四、分離過程：
生物親和色譜儀是吸附色譜儀的發展，在分離過程中涉及疏水相互作用、靜電力和范德華力等。
在鍵合了某類配位體的親和色譜柱上加入含生物活性大分子的樣品，只有那些與親和色譜柱中配位體表現出明顯親和性的生物大分子才會被吸附，這些被吸附的生物分子只有在改變流動相（緩沖溶液）的組成時才會被洗脫。
五、應用：
主要用于蛋白質和生物活性物質的分離。