NCBIBLAST軟件比對結果詳細分析

NCBI BLAST比對結果報告分析:BLAST是NCBI開發的一款序列相似搜索程，常用在線的BLAST比對工具進行序列比對分析和引物設計。

寫在解讀報告之前的，首先就使用Blast最終的目的是什么達成一致，Blast是通過兩兩比對，找到數據庫中與輸入序列最相似的序列，或者說是最相似的序列片段。那么我們看比對結果就是看Blast從數據庫中找到哪些相似的序列，然后就是如何相似，這些相似又可以告訴我們哪些信息等。當然Blast可以衍生出許多的用途，但都是建立在找到相似性序列(片段)的基礎上的。

本文以BLASTP為例子，詳細說明如何來解讀最新的BLAST結果報告。

示例

BLAST地址：

http://blast.NCBI .nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&BLAST_PROGRAMS=

blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome

比對用的例子：

>gi|16758036|ref|NP_445782.1| ribosomal protein L21 [Rattus norvegicus]

MTNTKGKRRGTRYMFSRPFRKHGVVPLATYMRIYKKGDIVDIKGMGTVQKGMPHKCYHGKTGRVYNVTQH

AVGIIVNKQVKGKILAKRINVRIEHIKHSKSRDSFLKRVKENDQKKKEAKEKGTWVQLNGQPAPPREAHF

VRTNGKEPELLEPIPYEFMA

數據選擇：nr

比對時間：2009年9月9日12:46:23

解讀報告前需要掌握的概念

alignments 代表比對上的兩個序列

hits 表示兩個序列比對上的片段

Score 比對得分，如果序列匹配上得分不一樣，減分，分值越高，兩個序列相似性越高

E Value 值越小，越可信，相對的一個統計值。

Length 輸入序列的長度

Identities 一致性，就是兩個序列有多少是一樣的

Query 代表輸入序列

Subjct 代表數據庫中的序列

結果詳細說明

菜單與基本信息

NCBI Blast結果-菜單與基本信息

1.下一步操作的菜單，你可以調整參數，重新比對、保存你的搜索條件以便下次比對、調整報告顯示的參數，以更符合你的要求、下載你比對的結果;

2.此次比對的標題，優先是你填寫的，如果沒有填寫可能是你輸入fasta序列頭(大于號后面的)，如果這個也沒有找到，NCBI 會自動生成一個;

3.你輸入序列的信息，包括標識號、描述信息、類型、長度;

4.數據庫的信息以及你選擇的Blast程序;

5.查看其他報告，比如摘要、分類、距離樹、結構、多重比對等。

Graphic Summary

Graphic Summary

1.保守域，Blastp時，如果與保守域數據庫比對有結果時，方顯示;

2.Distribution of 100 Blast Hits on the Query Sequence，圖的說明，仔細研讀，是hits在輸入序列上的分布;

3.這里是消息顯示框，當鼠標放在坐標下的橫線上，會顯示代表的hit的信息;

4.顏色比例尺，代表hit的得分(score)區間，可以簡單的理解為紅色的線表示有較好的比對結果;

5.輸入序列的坐標;

6.每一條線段代表一個hit，在線段上點擊，會鏈接到該hit詳細的比對信息部分。

深入理解：由于blast是區段比對，對于給定的兩個序列，blast會把具有相識性的片段(hit)找出來，顯示的是hit的信息，所以要判斷兩個序列的相似性，不但要看比對上的片段(hit)的得分，還要看hit覆蓋你輸入序列的范圍，正因為此，這部分圖形顯示部分就像整個報告的鳥瞰圖一樣，hit在你輸入序列上的分布。本例是一個較短的蛋白質序列，所以不具有代表性，試想如果輸入的是M級的核酸序列，你就知道意味著什么了。這里要記住僅僅高分的hit不能說明問題，還要關注hit在輸入序列中的位置。

Descriptions

Descriptions

1.比對上序列的標識符，上面有到該序列詳細信息的鏈接;

2.序列的表述信息，可以知道這個序列功能、基因、物種 等信息;

3.比對得分，由高向低排列，上面有到比對詳細信息的鏈接;

4.E value，由低向高排列;

5.該序列的其他鏈接，字母表示數據庫，比如U表示unigene、G表示Gene數據庫;

深入解讀：簡要的列表形式，便于閱讀都比對上了哪些序列，(如果你經驗豐富，從score的得分就大致可以判斷序列的相似性)序列的相似情況。

Alignments

Alignments 比對詳細信息

1.比對上的序列信息;

2.比對的各種得分，這里不做一一說明，這里我最關注的是Identities，比對上(一致)的數字、一共有多少個，比對上所占的比例。

3.具體的比對序列顯示，一目了然，知道了哪些序列比對上了，哪些序列是不一樣的，這里也要注意序列的位置關系;

5.復選框，可以選擇感興趣的比對序列，在⑥處進行相應的操作;

6.對選擇的序列進行操作，比如下載這些序列、畫系統發育樹、進行多重比對。

深入解讀：blast是以hit為單位顯示的結果，分段比對是其核心，所以對于每個hit所顯示的信息應當有個深入的理解。至于比對上的情況如何，不要迷信于那些數字，通過序列，你一眼就可以看出來。最后就是注意5、6的操作，可以給你帶來很大的便利。

溫馨提示：新手可以把Blast工具中的英文概念弄清楚，完全理解后才能事倍功半。此外，也可根據在blast中查找的目的不同做不同的操作，例如：可以把比對序列做多重比對