通常情況下，對定量DNA應用熒光或紫外-可見光譜。兩種方法各有優缺點，重要的是應考慮在整個分析中，包括上、下游工藝的方法。
對分子生物學家而言，DNA定量是一種重要而常規的技術。量化數據本身很少被當作實驗的最終結果，更常見的是將其作為生物源提取物和下游使用、分析之間的橋梁。定量是重要的，但是，由于生物系統始終存在的變化，因此導致提取的DNA存在差異：不僅在數量上有差異，而且也與從原始來源及提取方法本身的污染水平有關。錯誤的濃度測量，容易導致下游應用過度或不足；或者因污染物的存在，抑制下游的分析。
DNA定量最常用的兩種方法是紫外-可見吸收光譜法和熒光光譜法。對于純化的DNA，采用紫外可見分光光度計測定樣本在260nm的吸光度（A260）是應用最廣泛的技術，其優點為快速、易于實現。熒光法則需要使用熒光探針，如Hoechst或PicoGreen熒光染料，當這些染料與DNA結合時，可以發出熒光。因為兩種方法各具優點，因此在兩者之間進行選擇，應考慮工作流中的上游和下游步驟，再決定使用哪種技術進行檢測。
圖1. 使用納米微滴2000分光光度計進行微量測定。A）低濃度樣品，儀器自動選擇一個長光程；B）高濃度樣品，儀器會自動選擇最佳的短光程精度。
濃度范圍
熒光光譜和紫外光譜之間最重要的區別是可用濃度范圍。以比色皿為基礎的紫外-可見吸收光譜分光光度計，通常能夠在大約0.4~75ng/μl范圍內進行測量，而可變光程微量儀器如賽默飛世爾科技公司的微量紫外分光光度計NanoDrop 2000，不受固定光程比色皿的使用限制，可測量范圍達到15000ng/μl。大多數實驗室的樣品，通常都在這些濃度范圍之內。然而在某些情況下使用A260（如腫瘤活檢等醫學上的應用），則會因為濃度太低或樣本純度不夠，無法進行精確的定量。
在這種情況下，可使用熒光光譜法測定，如應用賽默飛的微量熒光分光光度計NanoDrop 3300，可量化0.05~2000pg/μl之間的DNA樣本。選擇分光光度計時，最重要的考慮因素也許是儀器的動態范圍（如圖1所示）。可能需要使用不同光程的比色皿或配件，進行多次測量，或分析多個稀釋樣品。這樣不僅浪費時間，也會對樣品造成浪費。除非樣本濃度是在配件的精確范圍之內，否則無法提供準確的數據。
污染物檢測
使用熒光分光儀，排除了污染物的檢測；而使用分光光度計，通過比較260nm、280nm和230nm處的吸光度，更有利于DNA樣品的純度評估。如A260/A280和A260/A230的比值，建立起了良好的“確定樣品純度的方法”，前者表示蛋白質的污染水平，后者表示潛在的碳水化合物污染或提取過程中攜帶的化學物質。
圖2. 純化的、未污染的DNA光譜（A），相同的DNA樣本含有胍（B）和（C）苯酚。通常可分別在230nm和260nm處觀察到光譜中的波谷和峰值波長的變化。
此外，對光譜形狀的檢查，尤其是波峰和波谷的波長可以進一步提供有關污染物的信息（如圖2所示）。一些污染物表現出特定的光譜特征，如苯酚，在270nm處有很強的吸收峰。通常在260nm處出現的一個強的吸收峰，移位到接近270nm處的一個更高的波峰——如果出現此種情況，容易診斷酚污染。
特異性
所有核苷酸的光吸收峰都為260nm，因此分光光度計一般無法對雙鏈DNA，單鏈DNA，RNA和未結合的核苷酸進行區分。為了精確地量化從生物樣品中提取的DNA，要求DNA不能包含其他的核酸，或必須使用熒光分光儀。許多市售的DNA提取試劑盒，對DNA是高度選擇性的，通常采用RNase酶去除RNA，并且通過適當的洗滌除去未結合的核苷酸。然而，一些DNA提取方法，特別是許多“自制”的方法，提取特異性較差，會導致出現DNA和RNA的混合物，在這種情況下，使用一個特定的熒光探針，無需進一步純化就可實現量化。
速度
由于應用的技術有所不同，DNA定量的速度差異也很大。雖然許多儀器制造商強調一次只能進行單一的測量，但這往往具有一定的誤導性。
考慮速度的同時，更應該考慮整個過程，包括很多步驟，如儀器的預熱和軟件的編制、上樣、制備稀釋樣品、測量時間、樣品清除、洗滌，數據輸出和濃度計算等。傳統的分光光度計通常需要預熱期，使用比色皿、稀釋和手工計算濃度，需要花費大量的時間。
圖3. NanoDrop 2000體積小巧，節省了實驗室的寶貴空間。
雖然后期研發的一些儀器不需要進行預熱，為了最大限度的節省時間，需使用如納米微滴用工具。A260的關鍵優勢在于，使用紫外可見分光光度計可以直接測量樣品。而應用熒光試劑，在測量前必須準備試劑，與樣品混合，隨后獲得的標準曲線，實際上增加了完成DNA定量所需的時間。
標準曲線
紫外可見光譜依賴于DNA的吸光度，可以直接進行測量，而不需要準備儀器或樣品。熒光分光光度計依賴于樣品所用的熒光，不同批次的熒光團、設備、培養時間或溫度，都會帶來一定的差異。若采用標準曲線，則可以去除這些差異，因此在樣品定量前，必須要測量標準曲線。
與標準曲線一樣，標準本身必須是可靠的，通常需準備一系列稀釋液。若降低標準，或樣品以任何方式被污染，或稀釋系列不是精心準備的，都將無法保證樣品量化結果的正確性。
小結
當然，紫外-可見吸收光譜和熒光光譜法二者的優點同時存在的情況還是有的，比如下一代測序方案需要采用這兩種技術去測量，以準確地量化DNA的特異性，以及通過檢測樣品光譜、評估污染物的存在。然而，對許多用戶來說，采用其中一種量化的技術就足夠了。刀御天元純度較高的樣品，紫外可見光譜法更為常用，主要是因為其速度和易用性；如果樣品濃度很低或在樣品中檢測到RNA，就需要把額外的時間和精力用于熒光測量。