3. 多組學聯合運用找靶點：轉錄組測序甲基化測序，雙劍合璧
多個表達譜數據取交集找到靶基因
（DOI: 10.1002/hep.29683）
甲基化數據同表達譜數據取交集
（http://dx.doi.org/10.1016/j.ccell.2017.02.01）
1）云序生物推薦MeRIP-seq測序技術對干預和未干預的生物學樣品進行m6A甲基化測序，測序結果中會呈現甲基化位點的具體位置和差異甲基化位點的位置。測序結果當中會呈現超甲基化、去甲基化、高表達、低表達的相關基因，而建立這一關系的理論依據是甲基化水平的改變會造成RNA水平的改變。目前RNA甲基化使RNA水平下降是廣泛接受的結論，影響方式可以通過降低RNA分子同HuR結合蛋白的結合力而使穩定性下降，也可以通過YTHDF家族蛋白識別并降解RNA的途徑使RNA水平減少。是否有RNA甲基化能促進RNA的表達水平？目前還尚沒有定論。
4. 靈活展示酶與下游靶基因的關系以及其他功能實驗
確定了酶和酶潛在靶基因間的關系。通過整合多篇高分文章的內容，為大家梳理一下思路。
IGV軟件上觀測到靶基因上存在4處RNA甲基化的區域
（http://dx.doi.org/10.1016/j.ccell.2017.02.01）
1）驗證靶基因的甲基化，mRNA和蛋白表達情況
任何高通量測序的結果都需要通過低通量的驗證，通過MeRIP-qPCR，qRT-PCR和WB分別驗證靶基因的甲基化和表達量情況。其中，若靶基因mRNA的表達量不改變，也不用太擔心，因為甲基化修飾可能改變了該基因的蛋白翻譯效率，做個WB試試。
RIP實驗證實ALKBH5酶與靶基因直接結合
（DOI: 10.1002/hep.29683）
RNA Pull Down實驗證實靶基因能與ALKBH5蛋白直接結合
（DOI: 10.1002/hep.29683）
2）RNA甲基化酶是否和靶點基因的mRNA直接結合
通過RIP實驗，特異性借助RNA
甲基化酶抗體拉取樣本中與其直接結合的RNA，再通過qRT-PCR手段，檢測靶基因是否存在于拉取的復合物中，從而決定性的證實甲基化酶與靶基因是直接結合的。相反的，RNA
Pull
Down實驗，借助根據靶基因合成的探針，特異性拉取與其結合的蛋白，通過WB手段，檢測甲基化酶是否存在于拉取的復合物中。這樣一來一往，就能明確兩者是直接結合的。
3）解釋酶對甲基化靶基因影響的工作原理
從酶入手研究RNA甲基化策略是這類高分文章的主流，上游的酶，下游的靶基因，建立聯系一氣呵成，根本上解釋了甲基化酶、去甲基化酶以及識別蛋白通過靶基因對疾病的調控作用。云序生物提煉的這一思路適用于大部分疾病的RNA甲基化研究探索，RNA甲基化研究這么熱，這么新，為什么不嘗試用這種方式解釋您關心的疾病、表型變化中甲基化所起到的作用呢？