病原學診斷是感染性疾病診斷的金標準，只有了解病原學和藥敏結果，才能真正做到選擇正確的抗菌藥物和合理用藥，同時避免細菌耐藥的發生。最終可節省醫療花費，減少住院時間，降低病死率。而病原學診斷結果的正確與否，關鍵在于標本管理，直接影響治療策略及療效、實驗室成本和效率。因此，臨床醫護人員應知曉微生物室對標本采集和運送要求，實驗室也應滿足醫生的需求，提供準確、有臨床意義的結果。
一、下呼吸道感染做細菌學檢驗的標本及項目
１．纖維支氣管鏡采集的標本：經纖維支氣管鏡獲取的ＢＡＬ和ＰＳＢ適合做細菌定量培養，當潛在致病菌的菌落數大于閾值時，其診斷下呼吸道感染的特異度可達８２％～９１％，診斷價值遠高于痰標本。
２．誘導痰標本：適于檢測卡氏肺孢子菌和結核分枝桿菌，對其他病原菌檢出效果差，不用于細菌培養。
二、標本留取和運送的要求
１．纖維支氣管鏡標本的采集要求：纖維支氣管鏡可采集到感染部位的標本，包括ＢＡＬ、ＢＳ、ＰＳＢ及支氣管穿刺活檢標本，均應由呼吸科醫師或經培訓醫師采集；為防止污染，應采用吸入麻醉劑，勿從支氣管鏡的工作腔中吸取灌洗液標本；標本采集順序為：ＢＳ、ＢＡＬ、ＰＳＢ和活檢標本，應避免帶血。
２．痰、氣管吸出物標本的留取：當有下呼吸道細菌感染指征時，患者在醫護人員的指導下先用無菌生理鹽水漱口，可減少口腔污染菌的數量，如有假牙應先摘掉；咳出清晨第一口深部痰，留至帶螺旋蓋的防漏無菌痰杯內。
３．標本的運送要求：臨床采集的標本均應盡快送至實驗室，實驗室對來自急診、新入院患者和有創方法采集的標本（如：ＢＡＬ和肺活檢標本）要盡快處理，以保證致病菌的活性，避免造成重復采集標本。
４．拒收的標本：實驗室接收標本后，首先篩選并拒收以下不合格標本：２４ｈ內重復采集的痰培養標本、唾液、鼻沖洗液和分泌物、鼻孔拭子、咽部標本、未經保護套管收集的支氣管刷培養標本及痰的厭氧菌培養標本。
５．涂片革蘭染色判斷標本的合格性：肺部感染的最常見機制是肺泡內吸入了口咽部定植菌，培養方法的局限性在于敏感性低，且無法判斷分離菌是感染或定植。因此，實驗室需借助涂片革蘭染色方法評估痰標本的質量。通過涂片革蘭染色，實驗室應報告臨床提示感染的信息，雖然由兩種致病菌同時引起的感染不常見，但當兩種形態的細菌均與白細胞相關時要報告；即使涂片未見細菌時仍有助于評價患者狀況，可能隱藏著某些特殊菌，如軍團菌、內源性真菌、結核分枝桿菌或其他可引起非典型肺炎的致病菌；質量合格的標本中，涂片有正常菌群及多種細菌（通常白細胞內有空泡或液泡），特別當培養生長正常菌群時，報告要提示有吸入性肺炎等。