血液標本
血液標本的細菌培養是診斷菌血癥或敗血病的基本方法。正常人的血液是無菌的、如從患者血液中檢出細菌一般應視為病原菌(排除采集標本或其他操作過程污染)，提示有菌血癥、敗血癥、心內膜炎、心包炎、血源性骨髓炎。常見的病原菌有金黃色或表皮葡萄球菌、鏈球菌(A、B群，肺炎鏈球菌等)、腸球菌、產單核細胞李斯特菌、腦膜炎奈瑟菌、傷寒及副傷寒沙門菌和厭氧菌等。
骨髓標本
正常人的骨髓是無菌的。若從患者骨髓中檢出細菌(排除污染)，提示細菌性骨髓炎、菌血癥、敗血癥。常見病原菌同上。
腦脊液標本
腦脊液的細菌學檢查對于細菌性腦膜炎的診斷有重要的臨床價植。正常人的腦脊液是無菌的，檢出細菌提示有細菌性(急性化膿性、結核性等)腦膜炎。常見的病原菌有腦膜炎奈瑟菌、流感嗜血桿菌、鏈球菌(
A、B 群和肺炎鏈球菌)、葡萄球菌、產單核細胞李斯特菌、結核分枝桿菌等。
痰標本
痰標本的細菌學檢查對于呼吸道感染的診斷有重要意義。下呼吸道的痰液是無細菌的，而經口腔咳出的痰帶有多種上呼吸道的正常寄生菌(如草綠色鏈球菌)。若從患者痰標本中查見致病菌或條件致病菌，提示有呼吸道細菌感染。常見的病原菌有肺炎鏈球菌、A群鏈球菌、金黃色葡萄球菌、卡他布蘭漢菌、白喉捧狀桿菌、結核分枝桿菌、腦膜炎奈瑟菌、流感嗜血桿菌、腸桿菌、軍團菌等。
咽拭子標本
咽拭子培養對于上呼吸道的細菌感染有一定的診斷意義。正常咽拭子有多種上呼吸道的正常菌群(如草綠色鏈球菌)。若從患者咽拭子標本中查出致病菌或條件致病菌提示上呼吸道有細菌感染(如急、慢性扁桃體炎，咽炎，喉炎等)。常見的病原菌有金黃色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、化膿性鏈球菌、微球菌、棒狀桿菌等。
泌尿、生殖道標本
尿液通常是無菌的或一過性有少量微生物，但是尿道內或尿道周圍皮膚的菌群會污染尿液標本，從而可能導至錯誤的培養結果。中段尿培養加計數對于泌尿道感染的診斷有重要價值。細菌培養必須結合菌落計數辨別是否為病原菌。有致病菌或條件致病菌生長，菌落計數>105
/ml，提示感染（膀胱炎，腎盂腎炎、腎或膀胱結核等）。常見病原菌有大腸埃希菌、葡萄球菌、鏈球菌、變形桿菌和傷寒沙門菌等。尿標本包括清潔中段尿、導管尿、經恥骨上皮膚穿刺采集膀胱內尿液。正常的內生殖器是無菌的，而外生殖器（包括男性尿道口和女性陰道）有多種細菌寄生。常見的病原菌有葡萄球菌、腸球菌、鏈球菌、淋病奈瑟菌、大腸埃希菌、變形桿菌等。
糞便標本
正常情況下腸道中有多種細菌。引起感染性腹瀉的病原菌有：沙門氏菌、霍亂弧菌、志賀氏菌及其他腸桿菌科條件致病菌。
穿刺液標本
各個部位穿刺液(胸水、腹水、心包液、關節液及鞘膜液等)的細菌學檢查對于確定該部位是否有細菌感染具有診斷價值。正常穿刺液是無菌的，若從患者穿刺液中查見致病菌或條件致病菌提示該部位有細菌感染。胸腔感染的病原菌以結核分枝桿菌多見，其次是金黃色葡萄球菌、溶血性鏈球菌、大腸埃希菌和銅綠假單胞菌等。腹腔感染的病原菌以大腸埃希菌、糞腸球菌、結核分枝桿菌等多見。心包炎和關節腔液以金黃色葡萄球菌、溶血性鏈球菌、大腸埃希菌、銅綠假單胞菌等多見。
膿液及創傷感染分泌物標本
膿液的細菌學檢查對于確定感染的種類(結核性或非結核性等)、提供藥物敏感結果、指導臨床治療有重要意義。化膿性感染可由單種或多種細菌引起。常見病原菌有金黃色葡萄球菌、化膿性鏈球菌、肺炎鏈球菌、大腸埃希菌、銅綠假單胞菌、變形桿菌、結核分枝桿菌、諾卜菌、梭桿菌、擬桿菌等。