單基因檢測和二代測序

在肺癌患者中，有一批攜帶驅動基因突變的患者，在治療上可以針對突變的基因采用靶向治療。在預后上，這部分患者也往往具有較長的生存期。目前，指南推薦了9個靶向治療的相關基因，他們分別是：EGFR、ALK、ROS1、Her2、KRAS、MET、RET、BRAF和最近一年剛進入指南的NTRK基因。為了識別這一部分患者，患者需要進行基因檢測，而基因檢測的方法有哪些呢？

單基因檢測及其優勢

首先是單基因檢測，所謂單基因就是針對其中一個或者幾個基因進行檢測。常用的方法有ARMS-PCR法、ddPCR法、熒光原位雜交法（FISH） 和一代測序法。單基因檢測的優勢在于：1.檢測時間短，一般2-3天就可以完成檢測；2.檢測費用低，單個基因的檢測費用在幾百到一千多不等；3.效率高，一項研究分析了1770例中國非小細胞肺癌的測序結果顯示，EGFR基因突變患者占全部突變患者的一半以上，幾個常見基因突變約占全部突變的70%，幾個常見單基因檢測組合就可以發現大多數基因突變的患者。因此，臨床上大多對EGFR、ALK、ROS1、KRAS等常見突變進行單基因檢測。

什么是二代測序？

近年來下一代測序技術（next generation sequencing, NGS），已經逐漸廣泛地應用到肺癌治療中。下一代測序技術，又稱高通量測序技術，下文簡稱二代測序。既然提到二代測序，那首先要說一說一代測序。一代測序，又稱sanger測序，是由sanger在1977年發明的一種測序方法，它具有準確率高，速度快的特點，但一次只能測一條較長的序列。而二代測序，其最重要的特點就是一次可以測大量的序列，這也是它被稱為高通量測序的原因。打個比方，如果說一個人的基因圖譜是一本書，那么一代測序是1個人看書，這個人一次可以看5頁。而二代測序是同時找100個人看書，每個人一次看可以1頁。這樣，二代測序可以更快的看完一本書。

臨床上現有的二代測序，主要有三種層面：第一種應用最多，人為挑選一部分基因組成套餐進行測序，例如將指南中推薦的9個靶向治療的相關基因打包在一起進行檢測。市面上也有多種檢測套餐，大的套餐可以包含300-400個基因。第二種是全外顯子檢測，將所有已知的編碼基因進行檢測。在此基礎上，可以得知腫瘤突變負荷等更多的信息。第三種是全基因組測序，全基因組測序還包含了編碼基因的之間的序列。

二代測序有什么優勢？

？首先，單基因檢測僅覆蓋幾個常見基因以及已知的突變類型，而二代測序的套餐可以覆蓋其它罕見突變、未知突變類型以及某些指南未推薦的基因，未來如果有針對新靶點的藥物上市，接受二代測序的患者會因此受益。

其次，單基因檢測常用的PCR法對組織的要求較高，如果活檢樣本較少，就難以完成多個基因的單基因檢測。而二代測序可以用少量組織完成大套餐的基因檢測。

再次，二代測序的靈敏度更高，對于基因突變發生率較高的人群，常規基因檢測為陰性時，可以使用二代測序再次檢測。最后，對無驅動基因突變的患者，二代測序可以獲得腫瘤突變負荷及PD-L1表達等信息，可以用于預測免疫治療的療效。

單基因檢測or二代測序，該如何選擇？

二代測序優勢如此明顯，就沒有什么缺點嗎，作為患者又該如何選擇呢？

有關二代測序的價格問題，往往超萬元甚至兩萬元，同時需要的時間也更長，包含較多基因的大套餐檢測至少需要1周以上的時間。

對于小細胞肺癌的患者，盡管目前沒有明確有治療價值驅動基因，但是由于免疫治療的介入，我們也需要了解有關免疫治療的影響，甚至超進展的相關基因的情況。

對于鱗癌患者，尤其是有吸煙史的鱗癌患者，出現EGFR、ALK、ROS1等常見突變的概率很低，我們不建議進行單基因檢測，有經濟能力的患者可以選擇包含其它罕見突變基因檢測的大套餐的二代測序。

對于腺癌患者，尤其是非吸煙的腺癌患者，由于EGFR、ALK、ROS1等常見突變概率很高，因此可行常見基因的單基因檢測，節約時間和經濟成本。

對于所有肺癌的病人，我們都建議進行二代測序，除病人由于經濟情況或者時間沖突，可以考慮先做單基因監測。二代測序除了可以了解常見的基因突變以外，另外對于潛在基因突變我們也可以有全面的了解。另外由于目前免疫治療的使用，在了解相關的免疫治療的正向基因和負向基因方面，也能夠提供大量的數據支持。