原因：
1.平均自由程是分子（離子）兩次碰撞所走過的路程，發生碰撞的時候那么離子的運動方向和速率都將會發生變化，在質譜中離子的平均自由程越大，那么在有限長的真空腔體內發生分子間或者是離子間的碰撞就越少，有利于提高分辨率，如果真空低，平均自由程就短，那么分子之間的碰撞就頻繁，分辨率下降。
2. 如果真空腔體真空低，比如說是在幾Pa到幾十Pa，那么根據放電的最佳條件可知，這個時候高壓特別容易放電；另外如果系統使用的是EI，那么為了防止EI燈絲燒斷，真空度要高于10-3Pa。
3.高氣壓下，離子分子反應這個就不必講了，CID就是最為典型的人為離子-分子反應得到目標離子碎片。
4.真空中必須高真空還有一點就是，目前所使用的微通道板和電子倍增器等信號放大系統都需要在高真空下才能夠達到應有的效果。
質譜系統：
常用的微生物鑒定方法都是基于微生物的形態學、細胞生理生化、以及核酸基礎建立的。自20世紀90年代，微生物鑒定系統不斷發展，自動化程度不斷提高，但仍然是建立在傳統的生理生化和核酸基礎上。近年來，基于蛋白質組學的質譜技術憑借其高靈敏度、高通量、快速等特點在微生物檢測和鑒定方面得到快速發展。質譜技術主要是利用特定離子源將待檢樣品轉變為高速運動的離子，這些離子根據質量/電荷比的不同在電場或磁場作用下得到分離，并且檢測器記錄各種離子的相對強度，形成質譜圖用于分析，進行數據庫檢索，提供可靠的鑒定結果。目前用于微生物檢測鑒定的質譜技術主要是氣—質聯技術（GC—MS）、基質輔助激光解吸飛行時間質譜（MALDI—TOF MS）、電噴霧質譜（ESI—MS）及熱裂解亞穩態原子轟擊質譜（Py—MAB—MS）等。
氣象色譜質譜聯用儀實驗：
一、實驗目的
1. 了解質譜檢測器的基本組成及功能原理，學習質譜檢測器的調諧方法；
2. 了解色譜工作站的基本功能，掌握利用氣相色譜-質譜聯用儀進行定性分析的基本操作。
二、實驗原理
氣相色譜法（gas chromatography, GC）是一種應用非常廣泛的分離手段，它是以惰性氣體作為流動相的柱色譜法，其分離原理是基于樣品中的組分在兩相間分配上的差異。氣相色譜法雖然可以將復雜混合物中的各個組分分離開，但其定性能力較差，通常只是利用組分的保留特性來定性，這在欲定性的組分完全未知或無法獲得組分的標準樣品時，對組分定性分析就十分困難了。隨著質譜（mass spectrometry, MS）、紅外光譜及核磁共振等定性分析手段的發展，目前主要采用在線的聯用技術，即將色譜法與其它定性或結構分析手段直接聯機，來解決色譜定性困難的問題。氣相色譜－質譜聯用（GC-MS）是最早實現商品化的色譜聯用儀器。目前，小型臺式GC-MS已成為很多實驗室的常規配置。