微生態學是一門新興的邊緣科學，是研究微生物結構和功能及其和宿主相互依賴、相互制約的科學。有研究估計，人體攜帶正常微生物，數量達103×1014個之多，重量超過1kg，它們所產生的酶超過肝臟產生的酶。這些正常微生物與宿主保持著物質、能量、信息轉運，所以一個完整的生命應包括宿主本身和其定居者的正常微生物的總和。本文重點介紹腸道微生態與兒科臨床應用相關內容。
1 腸道微生態
1.1 共生菌
也叫有益菌，如雙歧桿菌、炎桿菌、消化球菌、優桿菌這些菌數量大，恒定存在，對宿主有益無害，并終生攜帶，他們參與維生素及蛋白質合成，并被人體利用。
1.2 抗生菌
也叫有害菌，如韋氏梭菌、葡萄球菌、變形桿菌等。在生態平衡時，這些菌數量少，不會致病，菌群失調時多為致病菌。
1.3 雙向菌
又叫中間性菌，如乳桿菌、大腸桿菌、鏈球菌等。其數量和作用介于共生菌和抗生菌之間，在作用上是雙向的，具有潛在的有害性，在生態失調時，亦會致病。
2 腸道正常菌群對人體的作用
2.1 生物屏障作用
腸道菌群中優勢菌雙歧桿菌與其他厭氧菌一起共同占據腸黏膜表面，作為生物屏障構成腸道定植阻力，阻止致病菌的入侵。
2.2 營養作用
腸道厭氧菌可以合成人體必須的多種維生素，如B1、B2、B12、泛酸及葉酸等，可以產生各種氨基酸供機體利用。
2.3 免疫調節作用
雙歧桿菌、乳酸桿菌等能增加體液和細胞免疫。
2.4 促進生長發育
腸道厭氧菌主要是通過合成維生素促進鐵、鈣、維生素D等物質的吸收，從而促進機體生長發育。
2.5 防止便秘
2.6 控制腸源性內毒素血癥及降血氨作用
2.7 降低膽固醇
2.8 抗腫瘤作用
雙歧桿菌通過抑制腐生菌生長和分解致癌物質而起抗腫瘤作用。
2.9 抗衰老作用
2.10 防止牛奶蛋白過敏癥
乳酸桿菌產生的蛋白酶可降解牛奶中的酪蛋白。
3 微生態調節劑
3.1 益生菌
指含有特定的、充足數量活菌的制劑，可改變宿主的微生態菌群，有益于宿主的健康。
3.2 益生元
能被腸道正常菌利用，選擇性地刺激結腸內一種或幾種細菌生長和活性而對宿主健康有益的物質。
3.3 合生元
指益生菌與益生元的復合制品，或再加有維生素、微量元素等，其中的益生元能選擇性地促進益生菌生長。
4 兒科臨床應用
4.1 小兒急慢性腹瀉
包括感染性和非感染性，雙歧桿菌具有繁殖速度快，產酸能力強，穩定性好的特點，是容易寄生在腸道中調整人體腸道生物態平衡，治療胃腸疾病的有益菌株。
4.2 功能性便秘
4.3 細菌移位，應激狀態及毒血癥。
4.4 菌群失調
各種感染性、非感染性疾病所致原發和繼發腸道菌群失調。
4.5 新生兒疾病
（1）新生兒高膽紅素血癥、母乳性黃疸、嬰兒肝炎綜合征。
（2）新生兒出血癥。
4.6 病毒性肝炎等肝臟疾病。
4.7 幽門螺桿菌的治療
有研究顯示，乳酸桿菌具有抑菌和殺菌作用。
4.8 變態反應性疾病的治療
食物過敏、濕疹及過敏性皮炎等。
4.9 嬰幼兒保健。
4.10 其他
在耳鼻喉科疾病，自身免疫性疾病，復發性鵝口瘡等的治療。
綜上所述，腸道生物態與人體健康有著密不可分的聯系，一切生物體，必須適應外環境和內環境，而正常微生物則起內環境的重要作用，只有內、外環境的協調統一，才能綻放生命的火花。