水平超凈臺和垂直超凈臺的工作原理是完全相同的，所不同的只是外觀形式；從字面意思來理解，水平超凈臺的風是水平的，平面的。而垂直超凈臺的風向是垂直層流，風是從上往下吹的。
從潔凈度上來理解：水平超凈臺和垂直超凈臺的效率是完全相同的，不存在潔凈度的高低之差別。都是達到美聯邦標準的209E百級凈化。如果達不到百級凈化的超凈臺那就是一個次品。
從價格上來區分：從材料和做工的復雜程度來說，垂直超凈工作臺要復雜一些，要費料費工一些，價格人略比水平的貴。
從封閉程度上來講：水平工作臺是敞開式的，垂直超凈工作臺前面有升降玻璃擋板或有機玻璃檔板，垂直超凈臺不用的時候可以將擋板放下封閉起來。
從使用場所上區別：水平流目前主要是食品檢驗，花卉、樹苗、食用菌接種組培；垂直層流應用于電子、化工、醫院、醫藥行業。也是因為一些化工、制藥企業的實驗操作過程中會有一些有毒有害氣體會影響人體健康，所以選擇往下吹風的垂直層流而不是水一層流似乎更合適一些。
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