1.故障現象：調諧時, 高質量峰m/z 502、614不顯示
產生故障的可能原因及排除方法：預四級桿短路，排除方法是將預四級桿拆下, 用氦氣或氮氣吹干。
校準和靈敏度的故障排除
2.故障現象：質譜儀的質量標尺無法校準
產生故障的可能原因及排除方法：
a. 質譜儀調諧未達到佳狀態，排除方法是重新調諧質譜儀;
b. 離子源溫度過高或過低，排除方法是將離子源溫度設在180~220℃;
c. 空氣泄漏，排除方法是檢查空氣峰m/z 28的高度, 若大于10%氦氣峰m/z 4的高度，表明有空氣泄漏，用注射器將丙酮滴在各接口處，通過觀察丙酮的分子離子峰m/z 58的強度變化, 進一步查明泄漏的確切位置;
d. 發射電子的能量不合適，排除方法是將發射電子的能量設定為70eV。