底物顯色法是通過測定產色底物的吸光度變化來推測所測物質的含量和活性的，該方法又可稱為生物化學法。檢測通道由一個鹵素燈為檢測光源，波長一般為 405nm。探測器與光源呈直線，與比色計相仿。
血凝儀使用產色底物檢測血栓與止血指標的原理是 : 通過人工合成與天然凝血因子有相似的一段氨基酸排列順序、并還有特定作用位點的小肽，并將可水解產色的化學基因與作用位點的氨基酸相連。測定時由于凝血因子具有蛋白水解酶的活性，它不僅能作用于天然蛋白質肽鏈，也能作用于人工合成的肽鏈底物，從而釋放出產色基因，使溶液呈色。產生顏色的深淺與凝血因子活性成比例關系，故可進行精確的定量。目前人工合成的多肽底物有幾十種，而最常用的是對硝基苯胺(PNA)，呈黃色，可用405mm波長進行測定。