生態氣象觀測選擇與生態系統結構、功能和特點有密切聯系，并能反映生態系統演替和發展，簡易可行、便于長期堅持的大氣、生物、土壤、水環境和災害等項目，生態氣象觀測主要以遙感監測為主，地面觀測為輔。地面氣象觀測的主要觀測儀器有渦度相關通量塔、光合測定儀、土壤鹽分、pH測定儀、土壤蒸滲儀、水位儀等。利用渦度通量塔開展了大氣二氧化碳、水汽等的觀測，進行大氣與生態環境物質和能量交換及其相互影響的研究。利用土壤蒸滲儀開展土壤和大氣水分交換及氣候變化等方面的研究。利用遙感開展生態環境變化的監測，是主要的生態觀測手段，如利用遙感開展森林、草原、濕地、湖泊、荒漠、耕地演變的監測，開展生態環境變化評估，還可開展大型工程建設后對環境生態的影響評估等。