其實從嚴格的詞學意義上來說，細胞程序性死亡（PCD）與細胞凋亡是有很大區別的。
細胞程序性死亡的概念是1956年提出的，PCD是個功能性概念，描述在一個多細胞生物體中某些細胞死亡是個體發育中的一個預定的，并受到嚴格程序控制的正常組成部分。例如蝌蚪變成青蛙，其變態過程中尾部的消失伴隨大量細胞死亡，高等哺乳類動物指間蹼的消失、顎融合、視網膜發育以及免疫系統的正常發育都必須有細胞死亡的參與。這些形形色色的在機體發育過程中出現的細胞死亡有一個共同特征：即散在的、逐個地從正常組織中死亡和消失，機體無炎癥反應，而且對整個機體的發育是有利和必須的。
因此認為動物發育過程中存在的細胞程序性死亡是一個發育學概念，而細胞凋亡則是一個形態學的概念，描述一件有著一整套形態學特征的與壞死完全不同的細胞死亡形式。但是一般認為凋亡和程序性死亡兩個概念可以交互使用，具有同等意義。