溶酶體含有多種酶，使細胞能夠分解它吞噬的各種生物分子，包括肽、核酸、碳水化合物和脂質(溶酶體脂肪酶)。負責這種水解的酶需要在酸性環境才能獲得最佳活性。
溶酶體除了能夠分解聚合物之外，還能夠與其他細胞器融合，消化大型結構或細胞碎片；通過與吞噬體的合作，它們能夠進行自噬，清除受損的結構。同樣，它們能夠分解巨噬細胞吞噬的病毒顆粒或細菌。
溶酶體的大小從0.1μm到1.2μm不等。[17] 與微堿性胞漿（pH 7.2）相比，溶酶體內部呈酸性，pH值在4.5-5.0之間。溶酶體膜保護胞漿，進而保護細胞的其余部分免受溶酶體中降解酶的影響。此外，細胞還受到保護，免受任何排入胞漿的溶酶體酸性水解酶的影響，因為這些酶對pH敏感，在胞漿的堿性環境中不起作用或根本不起作用。這確保了在水解酶從溶酶體中泄漏的情況下，細胞質分子和細胞器不會被破壞。
溶酶體通過細胞膜質子泵和氯離子通道從胞漿中泵入質子(氫離子)來維持其pH差異。液泡ATPases負責質子的運輸，而氯離子的反向運輸由ClC-7cl/H+反向轉運體完成。這樣，就保持了穩定的酸性環境。[18][19]
它通過引入對不同底物具有特異性的酶來獲得其多功能降解能力；組織蛋白酶是水解酶的主要種類，而溶酶體α-葡萄糖苷酶負責碳水化合物，溶酶體酸性磷酸酶是釋放磷脂磷酸基團所必需的。
