根據來源分類，羧肽酶可分為動物羧肽酶、植物羧肽酶和微生物羧肽酶。在哺乳動物的不同阻織中含有一系列的金屬羧肽酶，以執行相應的生理功能。如胰腺羧肽酶A和B主要幫助消化食物、羧肽酶E選擇性地加工.生物活性肽、羧肽酶M選擇性地參與肽類激素的加工、羧肽酶D(高爾基體中)和羧肽酶N(血漿中)參與肽和蛋白質的加工。
對動物源羧肽酶的研究。主要集中于人、豬、牛、小家鼠等。其中對人源羧肽酶的研究是為了解析羧肽酶在人體內的作用機制，以進行疾病的診斯、治療;而對小家鼠羧肽酶的研究則是作為研究模型.以解析人源羧肽酶生理機制。
動物源羧肽酶的另一主要研究領域是應用于胰島素、多肽的工.業化生產中，已從大麥、小麥、擬南芥、水稻，番茄、綠豆等多種植物中分寓到絲氨酸羧肽解(SCP)及絲氨酸羧肽酶類蛋白(SCPL)的基因和蛋白，除參與催化蛋白水解反應、植物損傷應答反應外，還在油菜素內酯、芥子酰基蘋果酸等化合物的合成中發揮積極的作用。微生物羧肽酶包括微生物自身生產的羧肽酶及以微生物為宿主過量表達的羧肽酶。已有研究表明，酵母、假單胞桿菌(Pseudomonas),曲霉等是微生物羧肽酶的主要來源，所生產的羧肽酶主要是絲氨酸羧肽酶，具有廣泛的底物特異性。源于酵母細胞的羧肽酶Y是使用范圍最為廣泛的羧肽酶.用于將豬胰島素B鏈末端的丙氨酞胺殘基以蘇氨酸殘基取代，以半合成人胰島素(通過羧肽酶的轉肽作用)18」、蛋白序列的測定[9等;而源于假單胞桿菌的羧肽酶G可用于甲氨蝶呤解毒、AD-EPT。
此外，研究發現存在于米曲霉、構巢曲霉、黑曲霉等真核微生物液泡中的羧肽酶，可用于多肽脫苦、生物活性多肽的延長或特異性修飾等。