肥大性骨關節病出現典型的杵狀指，不存在診斷上的問題，有時肥大性骨關節病的其他表現包括皮膚表現出現于杵狀指之前，此時需與以下疾病鑒別：
1.肢端肥大癥
手足粗大，皮膚肥厚，面部粗陋等，易與肥大性骨關節病混淆，但不存在長骨和短骨的骨膜新骨形成，手足粗大僅是增粗、加寬，無明顯加大現象，頭圍無明顯增加，活動期生長激素和血清無機磷多升高，由于垂體瘤所致者大多數蝶鞍擴大，可作鑒別。
2.甲狀腺性肢端肥厚
有杵狀指（趾）、惡性突眼及脛前黏液性水腫，X線檢查示掌骨骨膜下新骨形成，多發于甲亢治療引起甲狀腺功能減低時。有明顯的甲亢病史，可資鑒別。
3.骨內膜性骨肥厚癥
主要表現為骨內膜增生造成皮質增厚及髓腔變窄，骨橫徑不增加，常累及顱骨引起顱板增厚及板障封閉，且無杵狀指及皮膚改變，與肥大性骨關節病不同。其他需與類風濕關節炎、畸形性骨炎、梅毒等疾病鑒別。