E2s家族成員都含有一個由150-200個氨基酸組成的高度保守的泛素結合結構域（UBC）。該結構域的分子量大約為14-16kDa，并且其中有35%的序列在不同的E2s成員中是保守的，它可以為泛素活化酶E1s，泛素連接酶E3s和活化的Ub或UBL提供結合位點。UBL是一種類泛素蛋白，如SUMO，ISG15和NEDD8等，可以以類似于泛素化修飾的方式共價結合到目標蛋白上，從而有效的調節靶蛋白的活性。UBC結構域由4個ɑ-螺旋，1個較短的螺旋，和4條肽鏈組成的反平行β-折疊構成。β-折疊和螺旋2形成中央結構，螺旋1，螺旋3和4分別位于兩側。β-折疊的1和3肽鏈與C-末端之間存在2個環狀結構，分別稱為L1和L2。盡管UBC結構域中的折疊結構非常保守，但是L1和L2具有很高的序列、長度及構象可變性，這些環狀結構比較靈活并且對E3s的選擇性結合具有重要作用。具有催化活性的Cys位于高度保守的環狀結構中。在UBC結構域中，一些區域結構具有特殊的調節功能，如H1，L1和L2在E2s與E1s和E3s的結合中起著決定性的作用，活性位點Cys殘基周圍的氨基酸序列及結構有促進Ub/UBL與UBC結構域的結合等。