首先，是脂肪酸的組分和結構差異對其被消化吸收的影響。有研究者認為脂質來源及脂肪酸存在的形式的差異可能會影響吸收、分配和生物利用。以磷脂形式存在的DHA比以甘油三酯形式存在的更易被吸收。甘油三酯被胰脂肪酶水解成2-甘油一磷酸和游離脂肪酸，而磷脂被胰磷酸脂酶A2水解生成溶血磷脂和游離脂肪酸，離子化的脂肪酸和2-甘油-磷酸進入膽汁微團后和磷脂形成水溶性混合顆粒，有助于無極性的脂類穿過小腸絨毛表面的水屏障到達微絨毛膜被吸收。
脂肪酸在甘油三酯中的位置決定其是以2-甘油一磷酸酯還是以游離脂肪酸的形式被吸收。當DHA在甘油三酯Sn-2位置上，它們最容易被吸收。一般情況下，磷脂代謝重建酶可選擇性地將不飽和脂肪酸置于甘油酯的Sn-2位置,而將飽和脂肪酸置于Sn-1位置。
其次，是脂肪酸所含的基團或包容物的互相作用對其被消化吸收的影響。攝食的磷脂所含的磷酸鹽基團和氮基（主要是維生素B復合體），可能會在幾個代謝途徑中互相影響；脂肪酸的磷脂源（來自雞蛋蛋黃和動物組織）含有大量的膽固醇，也會影響脂肪酸的消化吸收；此外，脂肪酸的消化率還與它的熔點有關，含不飽和脂肪酸越多，熔點越低，越容易消化。
總之，影響DHA消化吸收的因素很多，內外有之，而且不同物種和個體之影響因素可能會相異，其機理正在研究中。