本病需與顱骨結核、骨肉瘤及顱骨梅毒相鑒別。
（一）顱骨結核 顱骨結核少見，臨床無全身癥狀及局部紅、腫、熱、痛等急性炎癥臨床表現，起病緩慢， 無具體發病日期。而顱骨化膿性骨髓炎多有典型的化膿性臨床經過。顱骨結核以骨破壞為主，很少有增生現 象，破壞區不規則，在同一部位內外板破壞程度也不相同，常出現雙重邊緣，破壞區內易存小死骨，往往合 并寒性膿腫或竇道。而顱骨化膿性骨髓炎在破壞的同時有增生硬化現象，并可見新么骨形成。
（二）顱骨肉瘤 顱骨腫瘤早期無全身及局部急性感染癥狀，也無軟組織炎癥表現。顱骨肉瘤擴展迅速， 顯示不規則破壞伴放射狀骨膜反應，無死骨。
（三）顱骨梅毒 顱骨梅毒極少見，以骨增生為主，很少或無骨破壞。血清康華氏反應陽性有助確診。 我國最近沒有顱骨梅毒。
（四）地圖顱 Hand-Schuller-Christian病。 以地圖顱，凸眼，尿崩癥，三大癥狀為主的嗜酸性肉芽腫的亞型。是一種少見的腫瘤，一般多在5歲左 右病死，有時也見于青年，病灶呈散在型，診斷困難，一般認為愈后不良。但作者的一例患者，已近40歲仍 然健在。