檢查化驗
1、大便常規 外觀為粘液便或稀水便。鏡檢有較多白細胞，或有較多紅細胞。
2、直接涂片檢查病菌 方法是在一玻片上涂一薄層糞便，并慢慢地加熱固定。然后把涂片浸于1%堿性品紅液中10～20分鐘，繼之用水徹底漂洗。鏡檢涂片上顯示細小、單個或成串，海歐翼形、S形、C形或螺旋形兩端尖的桿菌為陽性。
3、細菌學檢查 可取患者大便，腸試子、或發熱病人的血液、穿刺液等為檢材，用選擇培養基，在厭氧環境下培養，分離病菌。若具有典型的菌落形態及特殊的生化特性即可確診。
4、血清學檢查 取早期及恢復期雙份血清做間接凝血試驗，抗體效價呈4倍或以上增長，即可確診。
鑒別診斷
（一）細菌性痢疾是由痢疾桿菌引起的常見急性腸道傳染病，以結腸化膿性炎癥為主要病變，有全身中毒癥狀、腹痛、腹瀉、里急后重、排膿血便等臨床表現。典型菌痢有高熱、腹痛腹瀉、瀉膿血便。腹痛在下腹或左下腹，左下腹明顯壓痛，且有腸索，伴明顯里急后重。糞檢有較多膿細胞、吞噬細胞。重者常脫水。這都有利于和本病區別。
（二）其它細菌所致腹瀉，如鼠傷寒、致病性大腸桿菌、耶氏菌、親水氣單胞菌，其他厭氧菌等，單從臨床有時很難鑒別。懷疑時應依靠病原學和血清學來確診。
急性細菌性痢疾：急性細菌性痢疾（急性菌痢）是感染性腹瀉最常見的原因。主要在夏秋季發病。可行成大、小流行。潛伏期多為1～2天，長可達7天。患者常以畏寒、發熱和不適感急驟起病，有腹痛、腹瀉，排便每天10余次至數十次。常伴里急后重、惡心、嘔吐與脫水。糞便在病初可為水樣，以后排出膿血便或黏液血便。鏡檢可見大量紅、白細胞，糞便培養可培養出痢疾桿菌。
中毒型菌痢以兒童多見或年齡較大，體質衰弱，營養不良者。中毒型菌痢有時以高熱、抽搐等毒血癥癥狀為主要表現。需以棉拭子由肛門取糞便進行鏡檢或細菌培養常可明確診斷。
病毒性胃腸炎：病毒性胃腸炎的主要表現為兒童或成人的夏季流行性、無菌性腹瀉。臨床特點是高度傳染性和極低的病死率，有輕度的發熱、不適感、惡心、嘔吐與稀便等癥狀。
（三）腸道外感染者須與沙門氏菌病及布氏菌病鑒別。
沙門氏菌病也成為副傷寒，副傷寒甲、乙、丙是分別由副傷寒甲、乙、丙三種沙門菌所致的急性傳染病。副傷寒甲、乙的癥狀與傷寒相似，但一般病情較輕，病程較短，病死率較低。副傷寒丙的癥狀較為不同，可表現為輕型傷寒，急性胃腸炎或膿毒血癥。
布氏菌病臨床表現非常復雜，因此分型困難。根據1977年我國北方防治地方病領導小組辦公室頒發的“人布氏菌病的診斷和治療效果判定試行標準”，臨床分型為急性期、慢性期活動型及慢性期相對穩定型。潛伏期7～60天，平均2周，少數患者可達數月至1年以上。