鼠疫耶爾森菌屬腸桿菌科耶爾森菌屬，雙極著色、革蘭陰性小桿菌，無鞭毛、無芽孢、有莢膜。兼性需氧。在血液瓊脂或Maclonkey 培養基中生長良好，產生典型的粗糙型菌落。
此菌有多種抗原，與致病性與免疫原性有關的有F、T、V3 種。我國鼠疫耶爾森菌可分為5 群(A-E)17 個生態型。
此菌抵抗力較弱，特別是對熱和干燥敏感，日曬、煮烤和常用消毒劑均可被殺滅。耐低溫，在膿液中可存活10～20 天，蚤體內1 個月，尸體中可存活數周至數月。
