最初Cowan等人將克雷伯氏菌分為5個種：產氣克雷伯氏菌、愛氏克雷伯氏菌、肺炎克雷伯氏菌、鼻硬結克雷伯氏菌和臭鼻克雷伯氏菌；Edwards和Ewing及Buchanan等定義克雷伯氏菌屬有3個種：肺炎克雷伯氏菌、鼻硬結克雷伯氏菌和臭鼻克雷伯氏菌。
1984年出版的《伯杰氏鑒定細菌學手冊》中將克雷伯氏菌屬分成3個種3個亞種，即肺炎克雷伯氏菌、產酸克雷伯氏菌、土生克雷伯氏菌、植生克雷伯氏菌3個種。前者又分為肺炎、臭鼻和鼻硬結3個亞種，在醫學上有一定意義。后兩者是新發現的，主要來源于土壤、植物和水生環境，對動物一般不致病。本屬菌的代表種為肺炎克雷伯氏菌種。
