菌株又稱品系，表示任何由一個獨立分離的單細胞（即單個病毒粒子）繁殖而成的純種群體及其后代。因此，一種微生物的每一個不同來源的純培養物均可稱為該菌種的一個菌株。根據菌株的定義，菌株實際上是某一微生物達到“遺傳性純”的標志，一旦菌株發生變異，均應標上新的菌株名稱。當進行菌種保藏、篩選或科學研究時，在進行學術交流或發表論文時，在利用菌種進行生產時，都必須同時標明該菌種及菌株名稱。菌株間在某些特性上存在著或多或少的差異。有一定的編號。如生產蛋白酶的為枯草桿菌1398，生產淀粉酶的為枯草桿菌7658，同M屬枯草桿菌，但其作用不同。具有典型特征的菌株為標準株，是國際和國內所公認的。可供細菌鑒定或研究、生產上對比使用，如篩選青霉素的標準株是金黃色葡萄球菌209P；結核桿菌強毒標準株是H37RV等。可以通過檢測、培養基的菌落、發酵方式。