手術是治療輸尿管囊腫的有效方法，手術治療的原則為解除梗阻，防止逆流和處理并發癥。開放手術具有暴露直觀，解除梗阻及抗逆流效果確切可以同時處理膀胱內和囊腫內的病變和泌尿系其它畸形之特點，但對患者創傷大，手術時間長，恢復慢。所以多數學者認為對異位輸尿管囊腫、伴有泌尿系其他畸形及有反流的輸尿管囊腫采用開放手術，而較小的輸尿管囊腫(<4～5cm的正位輸尿管囊腫)，提倡經內窺鏡囊腫開窗術治療，該方法簡單、安全、手術效果較好。
