治療原則同其他革蘭陰性桿菌肺炎，選用敏感抗生素，保持呼吸道通暢，糾正呼吸衰竭，保護心、腎、肝及大腦功能，積極治療原發基礎疾病和并發癥，加強支持治療。
1、抗菌藥物治療是摩根菌肺炎治療的關鍵。
但近10年來，摩根菌耐藥株不斷增加。已發現本菌對常用的慶大霉素、妥布霉素、頭孢西丁（噻吩甲氧頭孢菌素）、羧芐四唑頭孢菌素、羧芐西林、替卡西林、多黏菌素及氯霉素均有耐藥現象。摩根菌可產生誘導型β-內酰胺酶，且由染色體上一組AmP基因介導，因而耐藥性高且廣泛。第3代頭孢菌素或其酶抑制劑的復合劑型、第4代頭孢菌素、碳青霉烯類等抗菌藥物均對本菌有強大抗菌活性。常用的藥物有：頭孢曲松；頭孢他啶；頭孢哌酮舒巴坦、亞胺培南西司他丁、美羅培南。摩根菌對臨床常用的兩種氟喹諾酮類抗菌藥物，如左旋氧氟沙星和環丙沙星均有較高的耐藥性[2]。
2、保持呼吸道通暢，糾正缺氧，保護心、肝、腎及肺功能。
應用擴張支氣管藥物、祛痰劑，鼓勵患者咳嗽、排痰、吸氧、糾正缺氧現象，防止心、肝、腎功能損害。
3、加強原發病和并發癥及營養支持治療。
積極治療原發病，并發癥，加強營養支持治療，可適當用新鮮血漿，人血白蛋白、人血丙種球蛋白，粒細胞輸注，補足患者所需熱量。