1.實驗室檢查
（1）血象血白細胞計數 多正常，重癥患者可升高。血沉多增快
（2）病原學檢查 是確診本病的可靠方法。
（3）微量免疫熒光試驗（MIF） 是目前國際上標準的且是最常用的肺炎衣原體血清學診斷方法，除性病門診患者和娼妓特定人群外，肺炎衣原體肺炎的MIF血清學診斷可使用肺炎衣原體單一抗原，即不需要同時檢測沙眼衣原體和鸚鵡熱衣原體抗體。血清學診斷標準為：MIF試驗IgG≥1：512和（或）IgM≥1：32，在排除類風濕因子（RF）所致的假陽性后可診斷為近期感染，雙份血清抗體滴度4倍或以上升高也診斷為近期感染。1：16≤IgG<1：512為既往感染。
（4）PCR法 檢測肺炎衣原體DNA，敏感性更高，且可和其他種衣原體區分。
2.其他輔助檢查
肺部X線檢查：呈非典型肺炎表現，常為單側階段性肺炎表現，嚴重者病變廣泛甚至波及雙肺，可伴有胸膜炎或胸腔積液。
