腸內感染患者的診斷關鍵依靠糞便中找到卵囊。糞便(水樣或糊狀便為好)直接涂片染色，檢出卵囊即可確診。腸外感染的診斷通常需要活檢，但膽汁、痰液及支氣管灌洗液染色也有一定的幫助。急性患者類便中卵囊數量多，易檢出慢性患者及隱性感染者，其糞便標本可先采用濃集技術處理，然后再染色鏡檢，以提高檢出率。常用的檢查方法有金胺酚染色法、改良抗酸染色法及金胺-酚改良抗酸聯合染色法。此外，采用PCR和DNA探針技術檢測隱孢子蟲特異DNA的基因檢測，具有特異性強.敏感性高的特點檢測的底限可降至單個卵囊。
