獲得胚胎干細胞的方法，可利用人工受精的體外受精過程殘留的受精卵，也可利用體細胞轉移法。體細胞轉移法是將體細胞細胞核以顯微注射或電擊的方法注入去核的卵細胞中，再將之繼續培養到囊胚期。
取得成體干細胞可透過臍帶，骨髓或周邊血液中抽取。
臍帶血干細胞
嬰兒出生后遺留在胎盤和臍帶中的血是干細胞的重要來源。自1988年，臍血干細胞就用來治療根達綜合征、亨達綜合征、拉綜合征、急性淋巴細胞性白血病等許多兒童疾病。臍血從臍帶采集；臍帶經過清理消毒后，臍血從臍靜脈取出，然后立即分析對于傳染物質和組織類型是必要的。臍血在放入液氮備用之前要經過處理，去除血漿。在使用的時候首先解凍，去除防凍劑，注入病人靜脈。這種使用其他捐贈人干細胞的治療方法叫做異源療法；如果干細胞來自患者本人，即為同源和當從相同個體收集時，它通常指雙胞胎。細胞的排外轉移是于異類之間進行的（發展非常不充分）和有一點研究潛力。
周邊血干細胞
骨髓中存有人體內最主要造血干細胞的來源，而周邊血干細胞則是指借由施打白細胞生長激素〈G-CSF〉，將骨髓中的干細胞驅動至血液中，再經由血液分離機收集取得之干細胞。由于與骨髓干細胞極為相近，現已逐漸取代需要全身麻醉的骨髓抽取手術。
胚胎干細胞
胚胎干細胞是從胚泡（由50-100個細胞組成的早期胚胎）未分化的內部細胞團中得到的干細胞。它們是萬能的，意味著它們可以發育成為身體內200多種細胞類型中的任何一種。胚胎干細胞現在的研究階段仍是剛起步。許多研究仍建立在人類以外之動物模式。例如老鼠、牛或是羊等。在人類的胚胎干細胞因為干細胞的取得來源涉及道德倫理上的約束，在干細胞株上的建立有所爭議。（因為干細胞株必須取得人類胚胎，再經過培養純化等。因此許多人認為干細胞株視同為人的一部分）
脂肪干細胞
以往人們因塑身而抽出的脂肪，大部分都當廢棄物丟掉，現經由醫學專家研究證明:脂肪中含有不夠純但大量的干細胞，干細胞具有體外增生及多重分化的潛力，能運用于組織與器官的再生與修復。
其主要特性為：
低侵入性取得，對人體無害。
最多量的取得方式。
可進行體外增生培養。
可運用于身體組織類型廣泛，會自動移至創傷部位，進行修補。
皮膚細胞
在2007年尾，美國和日本兩組科學家同時成功把皮膚細胞轉化成一種俗稱為“iPS”的誘導多能干細胞，并成功使這些干細胞轉化成為身體器官的一部分。透過向皮膚細胞植入特定的基因，可誘導皮膚細胞改造，變成類似胚胎干細胞的一種細胞。
血液細胞
在2012年尾，英國劍橋大學的科學家將一名病人血液中一種能修復血管壁損傷的細胞變成了干細胞。這種方法比用皮膚細胞制造干細胞更實用、更有效、更安全，因為，獲取血液樣本要比獲取高質量的皮膚樣本更容易。