在進行移植手術時人類白細胞抗原決定組織相容性。貢獻者和接受者的人類白細胞抗原越相似，排異反應就越小。只有同卵雙胞胎或者克隆(Clone，復制)的人類白細胞抗原是完全一樣的。
此外許多疾病與一定的人類白細胞抗原相關聯，因此它們對于一定疾病的可能性有關。
