活化腸道內雙歧桿菌并促進其生長繁殖雙歧桿菌是人體腸道內的有益菌，其菌數會隨年齡的增大而逐漸減少。腸道內雙歧桿菌的多少成了衡量人體健康與否的指標之一。隨著醫學科學的迅猛發展，廣譜和強力的抗生素廣泛應用于治療各種疾病，使人體腸道內正常的菌群平衡受到不同程度的破壞。因而，有目的地增加腸道內的有益菌數量就顯得十分必要。攝取雙歧桿菌制品固然簡便可靠，但這類產品從生產到銷售都受到許多條件的限制，而通過攝入功能性低聚糖來促進腸道內雙歧桿菌自然增殖則更切實可行。
抑制腸內腐敗產物生成人體腸道內腐敗細菌（如產氣莢膜梭菌和大腸桿菌等）將氨基酸轉化生成氨、吲哚等腐敗產物。每日食用10克大豆低聚糖粉可明顯減少腐敗產物，同時還可抑制那些與腸內生成致癌物質有關的β-葡萄甙酸酶和偶氮還原酶。
低聚糖是一種不消化性糖類，不被胃酸胃酶分解，有一定甜度，人體攝入后基本上不增加血糖、血脂。進入腸部，在大腸中被雙歧桿菌利用，而不能被有害菌利用，稱作雙歧因子，可廣泛使用于各類食品作為功能性食品配料。