1、并發癥
包括心血管系統并發癥、休克、巨噬細胞活化綜合征及其他并發癥，其中冠狀動脈并發癥發生率高，是臨床關注的重點。
2、預后
本病預后大多良好，大部分的患兒可自行恢復，但5%～9%的川崎病患兒可發生冠狀動脈瘤。由于冠狀動脈瘤破裂、血栓閉塞、心肌梗死或心肌炎而死亡。目前死亡率下降至1%以下，約2%左右出現復發。
