所有生物除朊病毒外都含有核酸，核酸包括脫氧核糖核酸（DNA）和核糖核酸（RNA），新型冠狀病毒是一種僅含有RNA的病毒，病毒中特異性RNA序列是區分該病毒與其它病原體的標志物。
新型冠狀病毒出現后，我國科學家在極短的時間里完成了對新型冠狀病毒全基因組序列的解析，并通過與其它物種的基因組序列對比，發現了新型冠狀病毒中的特異核酸序列。臨床實驗室檢測過程中，如果能在患者樣本中檢測到新型冠狀病毒的特異核酸序列，應提示該患者可能被新型冠狀病毒感染。
檢測新型冠狀病毒特異序列的方法最常見的是熒光定量PCR（聚合酶鏈式反應）。因PCR反應模板僅為DNA，因此在進行PCR反應前，應將新型冠狀病毒核酸（RNA）逆轉錄為DNA。
在PCR反應體系中，包含一對特異性引物以及一個Taqman探針，該探針為一段特異性寡核苷酸序列，兩端分別標記了報告熒光基團和淬滅熒光基團。探針完整時，報告基團發射的熒光信號被淬滅基團吸收；
如反應體系存在靶序列，PCR反應時探針與模板結合，DNA聚合酶沿模板利用酶的外切酶活性將探針酶切降解，報告基團與淬滅基團分離，發出熒光。每擴增一條DNA鏈，就有一個熒光分子產生。
熒光定量PCR儀能夠監測出熒光到達預先設定閾值的循環數（Ct值）與病毒核酸濃度有關，病毒核酸濃度越高， Ct值越小。不同生產企業的產品會依據自身產品的性能確定本產品的陽性判斷值。