SCID是以系統免疫缺陷病，體液與細胞免疫功能均明顯異常。但實驗室檢查卻表現多種變化。通常，IgG、IgA與IgM很低，但少數病人可能有1～2項Ig正常。幾乎普遍無抗體反應。部分病例血液和淋巴組織B細胞減少，而另些病例則可能基本正常。所有細胞免疫試驗均異常，外周血T細胞數明顯減少；記憶抗原試驗和皮內植物血凝素試驗反應極差。體外T細胞功能試驗亦明顯異常；有絲分裂原增殖反應缺如。
