位點特異性重組本質上是兩個重組位點的四股DNA發生兩次切割和兩次連接的過程，所需的關鍵成分是重組酶（ recombinase），此外還需要一些蛋白因子。這里以入噬菌體DNA與大腸桿菌DNA整合而進入溶原狀態為例，介紹位點特異性重組機制（圖2-33）。
1．第一次切割重組酶（又稱入噬菌體整合酶，integrase，356AA，由入噬菌體基因組編碼）四聚體與兩個重組位點（入噬菌體重組位點attP和大腸桿菌重組位點au,B有15bp相同的核心序列）結合，切斷兩個重組位點一股DNA特定的磷酸二酯鍵，形成兩個切口，切口3’端的磷酸基與重組酶活性中心Tyr342的羥基以磷酸酯鍵結合。
2．第一次連接兩個切口的5 7端交換，與對方3’端連接，形成HoUiday結構。
3．第二次切割重組酶切斷兩個重組位點另一股DNA特定的磷酸二酯鍵，形成兩個切口。切口3 7端的磷酸基與重組酶活性中心Tyr342的羥基以磷酸酯鍵結合。
4．第二次連接兩個切口的5’端交換，與對方3’端連接，Holliday結構解離。
有些位點特異性重組體系的兩個重組位點的四股DNA可能同時切割，同時連接，并不形成Holli-day結構。