一.長18～50nt，較長探針雜交時間較長，合成量低；較短探針特異性會差些。
二.堿基成分：G+C含量為40%～60%，超出此范圍則會增加非特異雜交。
三.探針分子內不應存在互補區，否則會出現抑制探針雜交的“發夾”狀結構。
四.避免單一堿基的重復出現（不能多于4個），如-CCCCC-。
五.一旦選定某一序更符合上述標準，最好將序列與核酸庫中核酸序列比較，探針序列應與含靶序列的核酸雜交，而與非靶區域的同源性不能超過70%或有連續8個或更多的堿基的同源，否則，該探針不能用。
