一種來自基因組中有關的基因本身，稱為基因組探針（genomic probe）；
另一種是從相應的基因轉錄獲得了mRNA，再通過逆轉錄得到的探針，稱為cDNa 探針（cDNa probe）。與基因組探針不同的是，cDNA探針不含有內含子序列。
此外，還可在體外人工合成堿基數不多的與基因序列互補的DNA片段，稱為寡核苷酸探針。
