1、糞便檢查：
⑴活滋養體檢查法：常用生理鹽水直接涂片法檢查活動的滋養體。要求容器干凈，糞樣新鮮、送檢越快、越好，寒冷季節還要注意運送和檢查時的保溫。檢查時取一潔凈的載玻片，滴加生理鹽水1滴，再以竹簽沾取少量糞親，涂在生理鹽水中，加蓋玻片，然后置于顯微鏡下檢查。鏡檢可見粘液中含較多粘集成團的紅細胞和較少的白細胞，有時可見夏科-雷登氏結晶（Charcot-Leydencrystals）和活動的滋養體。
⑵包囊檢查法：臨床上常用碘液涂片法，該法簡便易行。取一潔凈的載玻片，滴加碘液1滴，再以竹簽沾取少量糞樣，在碘液中涂成薄片加蓋玻片，然后置于顯微鏡下檢查，鑒別細胞核的特征和數目。
2、阿米巴培養：
已有多種改良的人工培養基，常用的如洛克氏液、雞蛋、血清培養基，營養瓊脂血清鹽水培養基，瓊脂蛋白胨雙相培養基等。但技術操作復雜，需一定設備，且阿米巴人工培養在多數亞急性或慢性病例陽性率不高，似不宜作阿米巴診斷的常規檢查。
3、組織檢查：
通過乙狀結腸鏡或纖維結腸鏡直接觀察粘膜潰瘍，并作組織活檢或刮拭物涂片，檢出率最高。據報道乙狀結腸、直腸有病變的病例約占有癥狀患者的2/3，因此，凡情況允許的可疑患者都應爭取作結腸鏡檢，刮拭物涂片或取活組織檢查。滋養體的取材必須在潰瘍的邊緣，鉗取后以局部稍見出血為宜。膿腔穿刺液檢查除注意性特征外，應取材于膿腔壁部，較易發策滋養體。