新生隱球菌的莢膜多糖是重要的致病物質，有抑制吞噬、誘使動物免疫無反應性、降低機體抵抗力的作用。新生隱球菌可在土壤、鳥糞、尤其是鴿糞中大量存在，也可存在于人體的體表、口腔及糞便中，可侵犯人和動物引起的隱球菌病。多數引起外源性感染，也可引起內源性感染。對人類而言，它是機會致病菌。人由呼吸道吸入后引起感染，初感染灶多為肺部。肺部感染一般預后良好。但從肺部可播散至全身其他部位。播散病灶可發生在各個臟器，皮膚、粘膜、淋巴結、骨、內臟等均可受累，最易侵犯的是中樞神經系統，引起慢性腦膜炎。腦及腦膜的隱球菌病預后不良，如不治療，常導致患者死亡。