1.在明確診斷的前提下，按照相應疾病分類進行對癥治療。
2.心理治療
不但使FGIDs患者的精神癥狀明顯減少、疑病心理減輕，且明顯改善腸道和軀體癥狀，是內科常規治療的補充。對于大多數癥狀較輕的患者，很少給予心理干預。而少數與心理疾病共病或癥狀頑固的FGIDs，尤其是那些寧愿花費許多時間和精力反復作不必要檢查的心理因素明顯的患者，需制定復雜的心理治療方案。心理治療FGIDs的目標并不是治愈疾病，而是：
（1）消除患者對疾病的恐懼心理，樹立戰勝疾病的信心。
（2）減少患者心理情感應激的頻率和強度。
（3）緩解臨床癥狀、減少癥狀的發作頻率和嚴重程度，提高生活質量。
（4）減少患者反復就診次數。減輕社會和經濟壓力。
3.抗焦慮抑郁治療
對于有明顯精神或情緒抑郁和焦慮的FGIDs患者，抗抑郁和抗焦慮藥將有幫助。選擇性5-羥色胺再攝取抑制劑（SSRI）是常用最常用的抗抑郁劑，抗抑郁藥能減輕FGIDs的癥狀，部分患者癥狀消失。
