1.胎糞的排出和吸入
胎兒在宮內或分娩過程中出現缺氧，其腸系膜血管痙攣，使腸蠕動增加和肛門括約肌松弛而排出胎糞。同時缺氧使胎兒出現喘息性呼吸，將混有胎糞的羊水吸入氣管和肺內，生后初始的呼吸更進一步加重胎糞的阻塞作用。
2.不均勻氣道通氣
MAS患兒初期肺組織形態學的主要改變是肺不張、肺氣腫及正常肺泡同時存在。
3.化學性炎癥
多發生在生后24～48小時，胎糞（主要是其中的膽鹽）可刺激局部支氣管和肺泡上皮引起化學性炎癥，導致彌散和通氣功能障礙，從而加重低氧血癥和高碳酸血癥。
4.肺動脈高壓
即新生兒持續肺動脈高壓（PPHN）。重癥病例由于嚴重缺氧和混合性酸中毒導致肺血管痙攣或肺血管肌層增生（長期低氧血癥），使肺血管阻力增高，右心壓力增加，使血液通過尚未解剖關閉的卵圓孔和域動脈導管，在心臟水平發生右向左分流，進一步加重低氧血癥和混合性酸中毒，形成惡性循環。
此外，重癥病例由于低氧血癥和混合性酸中毒，多合并腦、心、腎等其他臟器損害。
