由萘瑟氏菌屬細菌（淋球菌或腦膜炎球菌）引起。其特征為，潛伏期短（10小時至2~3天不等），病情進展迅速，結膜充血水腫伴有大量膿性分泌物。約有15%~40%患者可迅速引起角膜混濁，浸潤，周邊或中央角膜潰瘍，治療不及時，幾天后可發生角膜穿孔，嚴重威脅視力。其他并發癥包括前房積膿性虹膜炎、淚腺炎和眼瞼膿腫。淋球菌性結膜炎成人主要是通過生殖器-眼接觸傳播而感染，新生兒主要是分娩時經患有淋球菌性陰道炎的母體產道感染，發病率大約為0.04%。萘瑟氏腦膜炎球菌性結膜炎最常見患病途徑是血源性播散感染，也可通過呼吸道分泌物傳播。成人淋球菌性結膜炎較腦膜炎球菌性結膜炎更為常見，而腦膜炎球菌性結膜炎多見于兒童，通常為雙眼性，潛伏期僅為數小時至1天，表現類似淋球菌性結膜炎，嚴重者可發展成化膿性腦膜炎，危及患者的生命。兩者在臨床上往往難以鑒別，兩種致病菌均可引起全身擴散，包括敗血癥。特異性診斷方法需要培養和糖發酵試驗。近年來，奈瑟菌屬出現青霉素耐藥菌群，因此藥物敏感試驗非常重要。
新生兒淋球菌性結膜炎 潛伏期2~5天者多為產道感染，出生后7天發病者為產后感染。雙眼常同時受累。有畏光、流淚，眼瞼高度水腫，重者突出于瞼裂之外，可有假膜形成。分泌物由病初的漿液性很快轉變為膿性，膿液量多，不斷從瞼裂流出，故又有“膿漏眼”之稱。常有耳前淋巴結腫大和壓痛。嚴重病例可并發角膜潰瘍甚至眼內炎。感染的嬰兒可能還有并發其他部位的化膿性炎癥，如關節炎、腦膜炎、肺炎、敗血癥等。