腹痛、黃疸及腹部包塊為本病的3個典型癥狀，但許多患兒，特別是梭狀型患兒多不同時具有上述的“三主征”。臨床上常以其中1～2種表現就診。
1.腹痛
多局限在上腹、右上腹部或臍周圍。疼痛性質以絞痛為多，也可表現為持續性或間歇性的鈍痛、脹痛或牽拉痛。高脂肪或多量飲食常可誘發腹痛。幼小病兒因不會訴說腹痛，常易誤診。相當一部分嬰幼兒腹痛時常呈頭肩向下的跪臥位姿勢。有的腹痛反復發作，間歇性發作遷延數月乃至數年，疼痛發作時常伴有黃疸，并可同時有惡心、嘔吐、厭食等消化道癥狀。具有腹痛者占60%～80%。
有的腹痛突然加重并伴有腹膜刺激癥狀，常見膽總管穿孔，繼發膽汁性腹膜炎。患兒多哭鬧不安，嘔吐，進行性腹脹加重，但腹膜刺激征較胃腸道穿孔為輕，經腹腔穿刺抽出膽汁性腹腔積液而獲診斷。
2.包塊
多于右上腹部或腹部右側有一囊性感光滑包塊，上界多為肝邊緣所覆蓋，大小不一，偶見超過臍下接近盆腔的巨大腹部包塊病例。可有輕重不一的觸痛。部分囊腫的下端膽總管處有瓣狀皺襞，似活瓣阻礙膽汁排出。囊內膽汁排出后，囊腫體積會變小，黃疸亦漸消退，這時囊腫體積會變小，黃疸減輕。在本病的診斷上有較高的參考價值。梭狀型膽管擴張癥則多不會觸及腹部包塊。
3.黃疸
間歇性黃疸為其特點，多數病例均存在此癥狀。出現黃疸間隔時間長短不一。嚴重黃疸可伴有皮膚瘙癢，全身不適。黃疸出現和加深說明因膽總管遠端梗阻，膽汁引流不暢所致，合并囊內感染或胰液反流會導致加重。當炎癥減輕，膽汁排出通暢，黃疸可緩解或消退。部分患兒黃疸加重時，糞便顏色變淡，甚至呈白陶土色，同時尿色深黃。
除三個主要癥狀外，合并囊腫內感染時可有發熱，體溫可高達38℃～39℃，亦可因炎癥而引起惡心、嘔吐的消化道癥狀。病程較長或合并黃疸者，患兒可因脂溶性維生素吸收的障礙而引致凝血因子合成低下，患兒有易出血的表現。個別還表現有維生素A缺乏的一系列癥狀。