基因敲除分為完全基因敲除和條件型基因敲除（又稱不完全基因敲除）兩種。
完全基因敲除是指通過同源重組法完全消除細胞或者動物個體中的靶基因活性，條件型基因敲除是指通過定位重組系統實現特定時間和空間的基因敲除。
噬菌體的Cre/LoxP系統、Gin/Gix系統、酵母細胞的FLP/FRT系統和R/RS系統是現階段常用的4種定位重組系統，尤以Cre/LoxP系統應用最為廣泛。
