本病需與乙型腦炎、單純皰疹病毒性腦炎鑒別。乙型腦炎有明顯流行季節，ADEM則為散發性；腦炎與脊髓炎同時發生可與病毒性腦炎鑒別。
ADEM為單相病程，歷時數周，急性期通常為2周，多數患者可恢復。據報道死亡率為5%～30%，存活者常遺留明顯的功能障礙，兒童恢復后常伴精神發育遲滯或癲癇發作等。
